Wissenschaft

5 gängige Farbstoffe zur Visualisierung und Färbung von DNA

Es gibt verschiedene Färbungen, mit denen DNA sichtbar gemacht und fotografiert werden kann, nachdem das Material durch Gelelektrophorese abgetrennt wurde.

Unter den vielen Auswahlmöglichkeiten sind diese fünf Flecken am häufigsten, beginnend mit Ethidiumbromid, das am häufigsten verwendet wird. Bei der Arbeit mit diesem Prozess ist es wichtig, nicht nur die Unterschiede zwischen den Flecken, sondern auch die inhärenten Gesundheitsrisiken zu kennen.

 

Ethidiumbromid

Ethidiumbromid ist wahrscheinlich der bekannteste Farbstoff, der zur Visualisierung von DNA verwendet wird. Es kann in der Gelmischung, dem Elektrophoresepuffer oder zum Färben des Gels nach dem Laufen verwendet werden.

Moleküle des Farbstoffs haften an DNA-Strängen und fluoreszieren unter UV-Licht. Dies zeigt Ihnen genau, wo sich die Banden im Gel befinden. Trotz seines Vorteils ist der Nachteil, dass Ethidiumbromid ein potenzielles Karzinogen ist, weshalb es mit großer Sorgfalt behandelt werden muss.

 

SYBR Gold

SYBR Gold-Farbstoff kann verwendet werden, um doppel- oder einzelsträngige DNA oder RNA zu färben. SYBR Gold kam als eine der ersten Alternativen zu Ethidiumbromid auf den Markt und gilt als empfindlicher.

Der Farbstoff weist 1000fach höhere UV – Fluoreszenzverstärkung. sobald es an Nukleinsäuren gebunden ist. Es dringt dann in dicke und hochprozentige Agarosegele ein und kann in Formaldehydgelen verwendet werden.

Da die Fluoreszenz des ungebundenen Moleküls so gering ist, ist keine Entfärbung erforderlich. Molecular Probes, ein Lizenznehmer, hat (seit der Einführung von SYBR Gold) auch SYBR Safe und SYBR Green entwickelt und vermarktet, die sicherere Alternativen zu Ethidiumbromid sind.

 

SYBR Grün

Die SYBR Green I- und II-Färbungen (ebenfalls von Molecular Probes vertrieben) sind für verschiedene Zwecke optimiert. Da sie an DNA binden, gelten sie immer noch als potenzielle Mutagene und sollten daher mit Vorsicht behandelt werden.

SYBR Green I ist empfindlicher für die Verwendung mit doppelsträngiger DNA, während SYBR Green II für die Verwendung mit einzelsträngiger DNA oder RNA am besten geeignet ist. Wie die beliebte Ethidiumbromid-Färbung fluoreszieren diese hochempfindlichen Färbungen unter UV-Licht.

Sowohl SYBR Green I als auch SYBR Green I werden vom Hersteller empfohlen, mit „254 nm Epi-Illumination Polaroid 667 Schwarzweißfilm und einem SYBR Green Gel-Färbe-Fotofilter“ verwendet zu werden, um den Nachweis von 100 pg RNA oder Einzelstrang-DNA pro zu erreichen Band.

 

SYBR Safe

SYBR Safe wurde als sicherere Alternative zu Ethidiumbromid und anderen SYBR-Flecken entwickelt. Es wird nicht als gefährlicher Abfall betrachtet und kann im Allgemeinen über die regulären Abwassersysteme (dh den Abfluss hinunter) entsorgt werden, da Toxizitätstests ergeben, dass keine akute Toxizität vorliegt.

Tests zeigen auch , dass bei syrischen Hamsterembryo (SHE) -Zellen, menschlichen Lymphozyten, Maus-Lymphomzellen oder im AMES-Test eine geringe oder keine Genotoxizität vorliegt. Der Farbstoff kann mit einem Blaulicht-Transilluminator verwendet werden, der die sichtbare DNA weniger schädigt und eine bessere Effizienz für das spätere Klonen bietet.

 

Eva Green

Eva Green ist ein grün fluoreszierender Farbstoff, von dem festgestellt wurde, dass er die Polymerasekettenreaktion (PCR)  in geringerem Maße hemmt als andere Farbstoffe. Dies macht es sehr nützlich für Anwendungen wie die quantitative Echtzeit-PCR.

Es ist auch eine gute Wahl, wenn Sie Gele mit niedrigem Schmelzpunkt zur Gewinnung von DNA verwenden. Es ist bei hohen Temperaturen sehr stabil und weist selbst eine sehr geringe Fluoreszenz auf, ist jedoch stark fluoreszierend, wenn es an DNA gebunden ist. Es wurde auch gezeigt, dass Eva Green eine sehr geringe oder keine Zytotoxizität oder Mutagenität aufweist .

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